repülőgép jobb szárnyának tövébe egy 20 mm űrméretű M61A2 Vulcangépágyút építettek be, javadalmazása 480 darab lőszer. A fegyver csőtorkolata egy, a tüzeléskor automatikusan kinyíló ajtó mögött van, ami amellett, hogy elrejti a fegyvert a rádióhullámok elől, egyúttal megakadályozza annak szennyeződését és korrózióját is. A további fegyverzetet a törzsben kialakított négy fegyvertérben, valamint a félszárnyak alatt kialakított két-két fegyverfelfüggesztő csomóponton hordozza. A fegyverterek nyílásai a rakéták indításakor nyílnak csak ki, kevesebb, mint egy másodpercre.
A repülőgép légi célok ellen az AIM–120C AMRAAM és az AIM–9M és a korszerűbb AIM–9X Sidewinderrakétákat hordozhatja. A tipikus légiharc-fegyverzet 2 darab AIM–9 és 6 darab AIM–120 rakéta, a fegyverterekben ennyi fér el.
Az AIM–120 AMRAAM rakétákat a két középső, nagyobb fegyvertérbe függesztik, a LAU–142/A AVEL(AMRAAM Vertical Eject Launcher – AMRAAM Függőleges Kilövő Indítósín) berendezésre, ez biztosítja a rakéta megfelelő eltávolodását a repülőgéptől akár 100°/másodperc sebességgel végzett elfordulás esetén is. Az indítósínt hidraulikus és pneumatikus munkahengerekkel egy rombusz alakú mechanizmus előre és lefelé kidobja, mintegy 40g gyorsulással 8 m/s függőleges sebességre gyorsítva azt. A sín végén deflekort helyeztek el, amely a rakéta égéstermék-gázait lefelé eltereli, hogy azok ne okozzanak kárt a fegyvertérben.
Az oldalsó, kisebb fegyverterekbe az AIM–9 rakétát a LAU–141/A berendezésre függesztik, ennek sok alkatrésze megegyezik a LAU–128/A berendezésével, ami az F–16-osok szárnyainak törővégén van. Az indítósín nyitott állapotában néhány néhány fokos szöget zár be a repülőgép hossztengelyével, a rakéta orra kifelé áll, hogy gyorsabban távolodjon a repülőgéptől az indítás után.
Földi célok ellen a repülőgép egyelőre a 454 kg tömegű GBU–32 JDAM(Joint Direct Attack Munition) fegyvert hordozhatja, ebből két-két AIM–120 rakéta helyére kerülhet egy-egy darab, így a földi célok elleni tipikus függesztmény 2 darab AIM–9 Sidewinder rakéta az oldalsó, kis fegyverterekben, 2 db AIM–120 AMRAAM rakéta és 2 darab GBU–32 JDAM a nagy fegyverterekben. Jelenleg van folyamatban a 113 kilogrammos GBU–39 SDB(Small Diameter Bomb) integrációja, ebből mindegyik nagy fegyvertérbe négy, összesen nyolc függeszthető. [36] 2008. július 11-én történt meg a bomba első szuperszonikus oldása, így a fegyver sokkal messzebbről indítható.[37]
A félszárnyak alatti csomópontok, valamint a rájuk függesztett fegyverzet a repülőgép manőverezőképességét rontja, észlelhetőségét javítja, ezért háborús helyzetben általában nem alkalmazzák (felmerült alacsony észlelhetőségű függesztőberendezések kifejlesztésének az igénye, ezekben, hasonlóan a fegyverterekhez, a csukott ajtók mögött a fegyverek nem befolyásolnák a gép észlelhetőségét). Mind a négy csomópontra függeszthető egy-egy 2272 literes (600 US gallon) tüzelőanyag-póttartály. Ennek érdekessége, hogy a pilonnal együtt dobják le a szárny alól, ha kiürült, mert a fentmaradó pilon szintén jobban észlelhetővé tenné a gépet.[38]
A tüzelőanyag-póttartályok úgy vannak kiképezve, hogy a fölső részükre, függesztőberendezésük két oldalán, egy-egy (a négy póttartályon így összesen nyolc) légiharc-rakétát lehet elhelyezni (a rakéták szárnyainak egy részét ehhez le kell szerelni), így a repülőgép gyorsan végrehajtott nagy távolságú áttelepüléseknél rakétákból egy teljes további javadalmazást magával vihet. Az áttelepülés végrehajtása után a tüzelőanyag-póttartályokat (a rakétákkal együtt) leszerelik, a gépet feltöltik üzemanyaggal, és a belső fegyvertérben szállított rakétákkal azonnal bevetést repülhet, majd visszatérvén, a kívül függesztett rakétákat a fegyvertérbe betöltve, újabb bevetést teljesíthet gyakorlatilag logisztikai háttér nélkül.